Kawasan Teluk Ambon menjadi primadona dalam pengembangan wilayah pesisir di Pulau Ambon dengan rencana pengembangannya sebagai Water Front City. Namun, ekosistem pesisir Teluk Ambon mengalami degradasi yang sangat cepat sehubungan dengan pertambahan penduduk yang pesat dan peningkatan kegiatan di lahan atas yang tidak terencana dengan baik. Dengan demikian, pemerintah daerah perlu dibantu dalam upaya pengembangan kawasan Teluk Ambon yang berkelanjutan. Penelitian yang dilaksanakan antara tahun 2010-2012 ditujukan untuk mengetahui kondisi terkini dari ekosistem pesisir di sepanjang Teluk Ambon, dan membandingkan dengan data-data sebelumnya yang diperoleh dalam kurun waktu 20 tahun terakhir. Selain itu, analisis juga dilakukan terhadap aspek sosial ekonomi dan konsep pengelolaan untuk lingkungan pesisir dan persepsi masyarakat terhadap kawasan teluk. Metodologi yang digunakan dimulai dari evaluasi data berdasarkan informasi sebelumnya. Kemudian, diikuti dengan mengidentifikasi kondisi ekosistem, seperti hutan mangrove dengan line and plot transect, padang lamun dengan line transect, dan terumbu karang dengan rapid reef inventory method. Proses sedimentasi berdasarkan data satelit tahunan, 1997-2012, dan kualitas air dinilai dengan starlet method. Dilakukan studi kualitatif lewat wawancara dan survei lapangan guna memahami nilai sosial ekonomi dan persepsi masyarakat di sekitar kawasan teluk. Hasil pengamatan mengindikasikan pengelolaan Teluk Ambon sangat kurang dalam memperhatikan pemanfaatan dan pengembangan yang berkelanjutan. Lemahnya perencanaan, pengelolaan, dan pengawasan dari Teluk Ambon disebabkan masih kurangnya aspek legal dan penegakan hukum, rendahnya kepedulian masyarakat, dan tingkat partisipasi masyarakat yang masih terbatas. Diseminasi hasil penelitian tentang kondisi Teluk Ambon kepada pemangku kepentingan yang didukung dengan pemantauan kondisi ekosistem dan perairan teluk yang terus menerus, evaluasi dan diskusi publik harus terus dipertahankan sebagai program strategis dalam mewujudkan konsep pengelolaan kawasan pesisir Teluk Ambon yang berkelanjutan. (2012)