Komponen utama minyak mentah (crude oil) terdiri atas senyawa yang terkelompok dalam hidrokarbon jenuh (alkana), hidrokarbon aromatik, resin, dan asfalten. Hidrokarbon yang terkandung dalam minyak mentah adalah polutan utama pada lingkungan laut akibat dari limbah kilang minyak, produksi minyak lepas pantai, aktivitas pelayaran, dan tumpahan minyak akibat kecelakaan. Beberapa hasil penelitian menunjukkan bahwa kecepatan biodegradasi minyak mentah tidak hanya dipengaruhi oleh struktur hidrokarbon, namun juga oleh spesifitas substrat yang dimiliki oleh mikroba pengguna hidrokarbon. Penelitian ini bertujuan untuk memanfaatkan bakteri indigenous dari laut Indonesia dalam proses bioremediasi cemaran minyak, terutama senyawa polisiklik aromatik hidrokarbon yang bersifat toksik dan berbahaya bagi ekosistem. Bioremediasi informasi komunitas mikroorganisme yang ada dan potensial dalam mendegradasi komponen minyak menjadi hal yang penting untuk dianalisis. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biorekayasa Lingkungan dan Laboratorium Mikrobiologi Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI serta Laboratorium Kimia Organik Pusat Penelitian Oseanologi LIPI untuk analisis kromatografi gas. Pada tahun 2007 dilakukan kegiatan lapangan untuk pengambilan sampel air laut dari daerah Kepulauan Seribu dan Cilacap, tahun 2008 diambil dari perairan Bangka dan Belitung, sedangkan tahun 2009 pengambilan sedimen terkontaminasi dan air laut bersih di Pulau Pari, Kepulauan Seribu. Pengambilan sampel air laut untuk isolasi bakteri dilakukan di perairan Pantai Marina Ancol, Teluk Jakarta; Pantai Cilacap; dan Kepulauan Bangka Belitung. Pengambilan sampel di Pantai Marina dilakukan di areal darmaga kapal yang banyak terlihat biota lautnya seperti ikan yang mengapung di permukaan laut; daerah perbatasan areal darmaga dengan pantai, dan tengah laut, sementara di perairan Pantai Cilacap sampel diambil di Pantai Teluk Penyu yang relatif bersih; pantai sekitar Tempat Pelelangan Ikan (TPI) Setolokawat yang tercemar karena aktivitas rumah tangga dan TPI; daerah yang tercemar minyak akibat docking kapal. Di perairan Kepulauan Bangka Belitung sampel diambil di tujuh titik, yaitu Pelabuhan Pangkal Balan; Docking PT Timah Perkasa, Sungai Liat; Pantai Matras; Pelabuhan Belinyu (Teluk Klabat), Jembatan Panjang; Pasir Kuning Tempilang; Pantai Pasir Padi. Kegiatan isolasi dilakukan untuk mendapatkan mikroorganisme yang bisa mendegradasi komponen minyak cemaran dengan media pengkayaan dan isolasi langsung. Di samping itu, dilakukan pendekatan menggunakan teknik molekular pustaka klon rDNA untuk mengidentifikasi seluruh komunitas mikroorganisme pada titik-titik yang diambil. Hasil penelitian menunjukkan telah diperoleh kurang lebih 500 isolat potensial berkemampuan mendegradasi polisiklik aromatik hidrokarbon (PAH) dan klon DNA mikroorganisme. Uji sublimasi ulang pendegradasian minyak dan PAH membuktikan bahwa beberapa isolat mengalami perubahan aktivitas. Isolat yang diperoleh dimanfaatkan untuk merancang proses bioremediasi pada lingkungan tercemar dengan cara memberikan nutrisi pada skala mikrokosm. Percobaan dengan rancangan mikrokosm skala 1 L menunjukkan bahwa sedimen yang terkontaminasi minyak dapat diremediasi dengan mengombinasi cara biostimulasi dan bioremediasi dengan komposisi 0,5% pupuk GM, 0,01% tween,1% konsorsium C314+C19, dan B80. Percobaan tersebut mampu me-recovery PAH dalam minyak sebesar 98,93%. (MAB) (2009)