Kanker leher rahim atau kanker serviks merupakan pembunuh nomor 1 di Indonesia, diikuti dengan kanker payudara. Di dunia diperkirakan ada sekitar 500.000 kasus kanker serviks baru dan 250.000kasus menyebabkan kematian setiap tahunnya dan 80% terjadi di negara-negara berkembang. Di Indonesia, penyakit kanker serviks diperkirakan sebanyak 40.000 kasus per tahun yang dianggap memiliki prevalensi tinggi. Mortalitas kanker serviks masih tinggi karena kurang lebih 90% terdiagnosis pada stadium invasif lanjut. Karsinogenitas Human Papillomavirus (HPV) sebagai agen etiologis kanker serviks sudah tidak diragukan karena virus ini lebih dari 97% dijumpai pada penderita. Sebagai kanker yang infeksius yang ditularkan oleh HPV, penanganan kanker leher rahim perlu dilakukan dengan intensif dan terpadu yang dimulai dengan deteksi sedini mungkin. Gejala awal infeksi HPV hingga pra - kanker tidak spesifik sehingga perlu pemeriksaan rutin. Metode deteksi kanker leher rahim yang umum dilakukan adalah pemeriksaan yang berbasis teknik sitologi Pap smear dengan melihat perubahan sel akibat infeksi HPV. Metode deteksi lain yang relatif baru adalah dengan cara analisis HPV-DNA, dimana keberadaan DNA dari virus tersebut dapat diketahui dengan lebih akurat tanpa melihat bentuk sel yang terinfeksi. Permasalahan yang terjadi pada kit berbasis molekuler adalah adanya penggunaan sumber genetik nonlokal sehingga kemungkinan untuk mendapatkan hasil positif palsu, negatif palsu atau hasil meragukan lebih besar. Penelitian ini bertujuan untuk menelusuri adanya varian-varian khas Indonesia dengan cara melihat polimorfisme gen-gen E6, E7, L1, dan L2. Cluster dianalisis dengan Realtime PCR dan High Resolution Melting (HRM), sedangkan analisis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) dilakukan dengan DNA sequencing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa HPV varian Indonesia menempati cluster tersendiri akibat dari polimorfisme gen L1 dan L2, sedangkan variasi E6 dan E7 relatif lebih sedikit. Gen penyandi protein kapsid sangat adaptif terhadap perubahan lingkungan maupun inangnya, sedangkan E6 dan E7 relatif homogen walaupun beberapa perubahan basa ditemukan. Hasil yang diperoleh digunakan sebagai material dasar dalam pembuatan prototipe kit diagnostik kanker leher rahim yang berbasis L1. Prototipe kit dibuat dalam 2 versi, yaitu versi PCR dan versi hibridisasi DNA. Kit yang dihasilkan dapat mendeteksi secara kualitatif, high-risk/low-risk HPV dan sekaligus genotipnya. (2011)