Perairan Indonesia dihuni oleh ikan sidat tropis yang memiliki struktur populasi panmictic maupun nonpanmictic sehingga memunculkan hipotesa tentang adanya peluang hybrid pada ikan sidat tropis. Adanya fenomena populasi berganda pada ikan sidat yang menghuni perairan Indonesia juga memunculkan hipotesa adanya perbedaan pola migrasi pertumbuhan ikan sidat tropis. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap keragaman genetis populasi ikan sidat tropis serta keterkaitannya dengan letak geografis, pola migrasi pertumbuhan ikan sidat tropis pada berbagai tahap perkembangan, serta keterkaitannya dengan umur, makanan, dan seksualitas. Pengambilan sampel larva menggunakan IKMT net yang dioperasikan dari dek kapal Riset Baruna Jaya VIII (Indonesia) dan RV Hakuho Maru (Jepang). Pengambilan sampel juvenile menggunakan scoop net yang dioperasikan di wilayah pesisir pantai dekat daerah rekrutmen. Sampel sidat muda diambil dengan berbagai alat tangkap, antara lain seser, bubu, serok, jaring, pancing, dan alat pengejut listrik di sepanjang daerah aliran sungai. Pengambilan sampel sidat dewasa menggunakan trap yang dipasang di depan mulut danau serta di daerah muara sungai. Studi filogeografi dilakukan dengan ekstraksi sampel DNA, analisis sekuens DNA mitokondria, dan analisis DNA inti. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan program bioedit dan chromas dilanjutkan dengan program MEGA Ver-5 untuk konstruksi pohon filogeni dan keragaman genetis. Analisis struktur populasi dilakukan dengan program DnaSP dilanjutkan dengan Fu and Li Test serta Tajima Test. Keragaman populasi dianalisis melalui perhitungan total jumlah alela keseluruhan marker yang digunakan serta perhitungan heterosigositas yang diamati, yang diharapkan, dan rata-rata. Analisis molecular variance dilakukan terhadap setiap lokus ikan sidat dengan menggunakan program Arlequin versi 2.001. rata. Analisis molecular variance dilakukan terhadap setiap lokus ikan sidat dengan menggunakan program Arlequin versi 2.001. Kajian terhadap pola migrasi ikan sidat dilakukan melalui analisis mikrokimia dan pertambahan lingkaran otolith. Berdasarkan hasil penelitian disimpulkan bahwa populasi A. bicolor pacifica yang menghuni perairan Indonesia (North Pacific OceanlNPO, Central Indonesian Ocean/CIO, South Pacific Ocean (SPO) masing-masing memiliki lokus polimorfik (100%). Diferensiasi genetik antarpopulasi A. bicolor pacifica berkisar 11,37%, laju inbreeding dalam populasi 34,32%, dan laju inbreeding antarpopulasi 25,89%. Berdasarkan distribusi alela pada masing-masing populasi terungkap bahwa keragaman genetis tertinggi berada pada populasi A. bicolor pacifica dari Samudra Pasifik Selatan 47% dan keragaman genetis terendah ada di populasi A. bicolor pacifica dari Samudra Indonesia/CIO 11%. Variabilitas genetik ditentukan oleh nilai rata-rata heterozigositas yang diamati (Ho) dan nilai rata-rata heterozigositas yang diharapkan (He). Rata-rata Ho populasi A. bicolor pacifica di perairan Indonesia berkisar antara 0,465±0,199 (NPO) hingga 0,650±0,357 (CIO), sedangkan nilai rata-rata He berkisar antara 0,600±0,317 (CIO) hingga 0,871±0,081 (SPO). Keragaman genetis A. bicolor pacifica tertinggi didapati pada populasi SPO, sedangkan keragaman genetis A. marmorata tertinggi didapati dari populasi CIO menjadi petunjuk peluang sumber wilayah pemijahan kedua spesies tersebut di Indo-Pacific. Pola migrasi A. marmorata dari Sulawesi Utara tergolong pola migrasi river eel yang setelah tiba di muara langsung bermigrasi ke dalam perairan tawar serta tinggal di sana beberapa tahun sebelum akhirnya kembali ke laut untuk bereproduksi. Pola migrasi A. marmorata dari Selawesi Tengah tergolong pola migrasi estuarine eel yang tinggal di estuari atau berpindah-pindah antara estuari dan perairan tawar selama fase pertumbuhannya sebelum kembali ke laut untuk bereproduksi. Pola migrasi A. marmorata dari Ambon tergolong pola migrasi estuarine eel yang tinggal di estuari atau berpindah-pindah antara estuari dan perairan tawar selama fase pertumbuhannya sebelum kembali ke laut untuk bereproduksi. (2012)